Những thay đổi về hoàn thuế GTGT theo Thông tư 99/2016/TT-BTC
Bộ Tài Chính ban hành Thông tư 99/2016/ND-CP ngày 29 tháng 6 hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng (“GTGT”), bao gồm quy trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, trách nghiệm của người nộp thuế và các cơ quan thuế, biện pháp xử lý các trường hợp có rủi ro cao về thuế… (“Thông tư 99”). Theo đó, việc lập và gởi hồ sơ hoàn thuế GTGT được Thông tư 99/2016/TT-BTC quy định như sau:
1. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng gồm:
– Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính).
– Các tài liệu khác theo quy định tại các điều từ Điều 50 đến Điều 56 (trừ Điều 53) của Thông tư số 156/2013/TT-BTC.
– Quyết định hoàn thuế được ban hành trong vòng 6 ngày làm việc cho trường hợp “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” và 40 ngày cho trường hợp “kiểm tra trước, hoàn thuế sau”, kể từ ngày cơ quan thuế nhận bộ hồ sơ hoàn thuế hoàn chỉnh.
– Cục thuế địa phương phối hợp với những tổ chức có liên quan (ngân hàng, cơ quan hải quan, cơ quan thuế quản lý trực tiếp nhà cung cấp của người nộp thuế, cơ quan công an) để phát hiện các trường hợp có rủi ro cao về thuế. Cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra thêm những trường hợp này.
2. Người nộp thuế là doanh nghiệp, tổ chức đáp ứng đầy đủ các điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng và pháp luật về quản lý thuế, lập và gửi hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.
Chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế theo quy định tại Khoản 1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 và không phải là đơn vị kế toán lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kế toán số 88/2015/QH13, khi đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về uỷ quyền.
3. Người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính, cụ thể:
a) Người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế kể từ thời điểm cơ quan thuế chấp nhận giao dịch hoàn thuế điện tử theo quy định tại Thông tư số 110/2015/TT-BTC ngày 28/7/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.
b) Người nộp thuế gửi trực tiếp hồ sơ hoàn thuế bằng giấy hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.
4. Người nộp thuế đã gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế nhưng sau đó có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế thì người nộp thuế được khai điều chỉnh, bổ sung số thuế đề nghị hoàn chuyển khấu trừ tiếp vào tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ kê khai tiếp theo kể từ thời điểm có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế, nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng.
Thông tin hoàn thuế sẽ được Cơ quan thuế công khai trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế về thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế; thời điểm tiếp nhận văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế; Thời điểm ban hành thông báo, quyết định giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế.
Một số lưu ý quan trọng về hoàn thuế GTGT:
– Doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng/quý thì được khấu trừ cho kỳ tiếp theo. Nếu số thuế GTGT đầu vào luỹ kế 12 tháng chưa được khấu trừ hết thì tiếp tục khấu trừ cho những kỳ tiếp theo hoặc đưa vào chi phí mà không được hoàn thuế (trước đây trường hợp này được hoàn thuế).
– Doanh nghiệp kinh doanh có dự án đầu tư mới, có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào đang sử dụng cho đầu tư mà DN chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT; trừ trường hợp không góp đủ số vốn điều lệ, chưa đủ các điều kiện kinh doanh, khai thác tài nguyên với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên sẽ không được hoàn số thuế GTGT mà chuyển sang kỳ tiếp theo để khấu trừ.
– Doanh nghiệp kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế theo tháng, quý. Tuy nhiên, việc hoàn thuế sẽ không áp dụng trong trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu mà không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan.
_____________________________________
